存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。我国刑事诉讼法第171条第4款规定：对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。而根据我国刑事诉讼法第171条第三款规定的精神，补充侦查的案件应在1个月内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。因此，经过两次补充侦查，对于事实仍未查清、证据不足的案件，人民可以作出不起诉的决定。案件经过两次补充侦查，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件。
（1）据以定案的证据存在疑问、无法查证属实的。
（2）犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的。
（3）证据之间的矛盾不能合理排除的。
（4）根据证据得出的结论具有其他可能性而无法排除的。
《刑事诉讼法》第一百七十一条人民审查案件，可以要求机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
一、不起诉决定的程序
1、特定案件的审批程序；
省级以下办理直接受理立案侦查的案件，拟作不起诉决定的，应当报请上一级批准。
2、宣布与生效；
公开宣布，立即生效。
3、送达。
被害人或者其近亲属及其诉讼代理人。
被不起诉人及其辩护人以及被不起诉人的所在单位。
二、不起诉有哪些种类
1、法定不起诉。是指犯罪嫌疑人具有《刑事诉讼法》第16条规定的不追究刑事责任的6种情形中除依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉的情形外的其他5种情形之一的，人民应当作出不起诉决定。
2、酌定不起诉。是指人民对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的案件，可以作出不起诉决定。酌定不起诉的情形主要有：在我国领域外犯罪依照我国刑法规定应当负刑事责任，但在外国已受过刑罚处罚的；聋、哑、盲人犯罪的；防卫过当；避险过当；预备犯的行为；没有造成损害的中止犯的行为；从犯的行为；胁从犯的行为；自首且犯罪较轻的；有重大立功表现的；犯罪后自首又有重大立功表现的。酌定不起诉从法律上说是对犯罪嫌疑人作无罪处理。
3、存疑不起诉。对于经过二次退回补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。具有下列情形之一不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足、不符合起诉条件：
（1）据以定罪的证据存在疑问、无法查证属实的；
（2）犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；
（3）据以定罪的证据之间有矛盾不能合理排除的；
（4）根据证据得出的结论具有其他可能性而无法排除的。对于存疑不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件时，可以提起公诉。