不会自动注销，而是会被吊销。超过一定年限没有年检，会被工商局吊销营业执照。同时因为营业执照被吊销的，该公司的法人会被列入黑名单，三年内不能担任企业高管、法人。建议去注销该营业执照。
个体执照注销办理流程：
（1）去国地税把税务登记证注销；
（2）拿到税务注销证明后再来工商所办理注销执照，注销以后执照正副本工商所收回，拿到注销通知书就算是注销完成。
根据《个体工商户登记管理办法》第十六条规定，申请个体工商户注销登记，应当提交下列文件：
（一）申请人签署的个体工商户注销登记申请书；
（二）个体工商户营业执照正本及所有副本；
（三）国家市场监督管理总局规定提交的其他文件。
个体营业执照注销流程如下：
1、个体工商户营业执照，应当到办理个体工商户营业执照的工商所办理注销手续。
2、注销登记应提交的文件：《个体工商户注销登记申请书》和《个体工商户营业执照》正、副本；
3、委托代理人申请注销登记的，提交申请人签署的《委托书》及代理人的身份证复印件（本人签字）或者资格证明复印件（本人签字）。
4、带着执照去所在辖区的国税局大厅，查询是否有应交税款没有缴清，有些需要找管辖内的专管员核实或签字，拿到完税凭证。
5、带着税务凭证联再次回到工商所。提交完税凭证，一般情况当场就可以领取个体工商户注销通知书。
法律依据：
《企业名称登记管理实施办法》第三十一条 企业名称有下列情形之一的，不予核准：
（一）与同一工商行政管理机关核准或者登记注册的同行业企业名称字号相同，有投资关系的除外；
（二）与同一工商行政管理机关核准或者登记注册符合本办法第十的企业名称字号相同，有投资关系的除外；
（三）与其他企业变更名称未满1年的原名称相同；
（四）与注销登记或者被吊销营业执照未满3年的企业名称相同；
（五）其他违反法律、行规的。